يُعد الهيكل التنظيمي لمعهد المواكب الرائدة إطارًا إداريًا وفنيًا ينظّم عمل المعهد، ويضم مجموعة من المكاتب والوحدات والأقسام التي تتكامل فيما بينها لتسيير أعمال المعهد.
ويتكون الهيكل التنظيمي من مجلس إدارة المعهد، ومدير المعهد، ويتبعه ستة مكاتب وهي:
- مكتب الشؤون الإدارية والمالية، ويتبعه: وحدة شؤون العاملين والموظفين، وحدة الخدمات العامة والمرافق، وحدة الإسعافات الأولية، وحدة الحسابات والخزينة، وحدة المعلوماتية والدعم الفني، وحدة الإعلام والتوثيق.
- مكتب ضمان الجودة.
- قسم البحث العلمي وخدمة المجتمع.
- مكتب الشؤون العلمية، ويتبعه: قسم أعضاء هيئة التدريس، برنامج إدارة الأعمال، المكتبة، برنامج التدريب العام، المعامل، برنامج المحاسبة، برنامج الحاسوب الآلي، برنامج الصيدلة، برنامج المختبرات.
- مكتب الريادة والابتكار.
- مكتب المسجل العام، ويتبعه: وحدة التسجيل والقبول، وحدة الدراسة والامتحانات، وحدة شؤون الطلبة والخريجين، وحدة النشاط الطلابي والإرشاد الأكاديمي.
